Die gesetzlichen Anforderungen an das Hygienemonitoring variieren je nach Branche und Land. In der EU sind Lebensmittelproduzenten beispielsweise durch die Verordnung (EG) Nr. 852/2004 zur Lebensmittelhygiene verpflichtet, ein systematisches Hygienemanagement durchzuführen. Im Gesundheitswesen gibt es Richtlinien und Empfehlungen des Robert Koch-Instituts (RKI) zur Infektionsprävention. Die Pharmaindustrie muss die GMP-Richtlinien (Good Manufacturing Practice) einhalten, die strenge Hygienevorgaben beinhalten. Kosmetikhersteller müssen gemäß der Verordnung (EG) Nr. 1223/2009 über kosmetische Mittel sicherstellen, dass ihre Produkte unter hygienisch einwandfreien Bedingungen hergestellt werden.